Св. Синодом на заседании от 12-13.03.2002 г. епископом Брянским и Севским определено быть архимандриту Феофилакту (Моисееву).
20 апреля 2002 г., в праздник Похвалы Пресвятой Богородицы, в храме Христа Спасителя за Божественной литургией была совершена хиротония архимандрита Феофилакта (Моисеева) во епископа Брянского и Севского. Хиротонию совершили Патриарх Московский и всея Руси Алексий, митрополиты Крутицкий и Коломенский Ювеналий, Смоленский и Калининградский Кирилл, Солнечногорский Сергий, Волоколамский и Юрьевский Питирим; архиепископы Нижегородский и Арзамасский Евгений, Истринский Арсений, Верейский Евгений; епископы Филиппопольский Нифон (Антиохийский Патриархат), Орехово-Зуевский Алексий, Дмитровский Александр, Сергиево-Посадский Феогност и Пермский и Соликамский Иринарх.
Решением Священного Синода от 27-28 декабря 2011 г. (журнал №171) назначен епископом Дмитровский, викарием Московской епархии.
Указом Святейшего Патриарха Кирилла от 30 июня 2020 г. в дополнение к несомым послушаниям назначен и.о. первого заместителя управляющего делами Московской Патриархии с возложением ответственности по руководству документооборотом. Также согласно резолюции Его Святейшества назначен помощником первого викария Патриарха Московского и всея Руси по г. Москве с возложением на него аналогичных обязанностей по руководству документооборотом.